При формировании реестра 2 НДФЛ сумма налога исчисленная ставится, а сумма налога удержанная не ставится

Это же две абсолютно разные суммы. Они регистрируются или могут регистрироваться различными документами. НДФЛ удержанный вводится, или документом начисления зарплаты, или документом выплаты зарплаты (если у Вас настроено, чтобы регистрировалось документом выплаты – проверьте, проведен ли он). Используйте также настройку в учетной политике по персоналу организаций: пpи начислении HДФЛ принимать исчисленный налог к учёту как удержанный.